In 1942 werd hij door het Gewestelijk Arbeidsbureau in Leiden opgeroepen voor de Arbeitseinsatz in Duitsland. Uit correspondentie in het Nationaal Archief blijkt dat hij bang was voor represailles als hij niet zou gaan en daarom niet durfde onder te duiken. In een brief van de burgemeester, na de oorlog, werd benadrukt: "Het politiek verleden van de overledene was overigens uitstekend."
Jan werd tewerkgesteld in Berlijn. Op 18 november 1943 startte de Britse Air Chief Marshall Arthur 'Bomber' Harris zijn 'Battle of Berlin'. Nachtenlang bestookten duizenden vliegtuigen de stad en omliggende gebieden met tienduizenden brandbommen, high-explosive bombs, fosforbommen. Het moet hels en angstaanjagend zijn geweest op de grond. Bij het bombardement van 26 november kwam Jan om het leven in Berlijn-Tegel. Hij deelt een 'Gemeinschaftsgrab' met zijn lotgenoten: "In dit graf rusten de verbrande resten van slachtoffers van verschillende nationaliteiten, welke niet te scheiden zijn", zegt het archief. Op het gedenkteken van het Nederlandse ereveld in Lübeck wordt zijn naam gememoreerd.