Johan sloot zich in 1943 aan bij het verzet in Goor waar hij in dat jaar met zijn vrouw was gaan wonen. Op 23 augustus 1944 sloeg het noodlot toe. Johan was onderweg met een tas vol gegevens over onderduikadressen en andere zaken. Hij had deze opgehaald in Amsterdam en werd tijdens een razzia in de trein opgepakt. De Duisters ontdekten de papieren en Johan werd als terrorist gearresteerd en gevangen gezet.

Naderhand heeft men ontdekt dat Johan in verschillende concentratiekampen heeft gezeten. Na zijn arrestatie wordt hij overgebracht naar kamp Amersfoort en van daar naar kamp Vught. Op 10 september 1944 wordt hij overgebracht naar kamp Sachsenhausen in de buurt van Berlijn. Hij verblijft daar tot 16 oktober 1944. Dan wordt hij opnieuw op transport gezet richting de Deense grens. Daar komt Johan terecht in een nevenkamp van het bekende concentratiekamp Neuengamme. Dit werkkamp met de naam Husum-Schwesing heeft slechts 3 maanden bestaan. Johan Slot is op 9 november 1944 in dit kamp overleden. Volgens de officiële lezing aan longontsteking. Na de oorlog heeft de familie echter via via te horen gekregen dat Johan door de kampbewaking is doodgeslagen omdat hij een opdracht weigerde uit te voeren.
Zijn naam is ook terug te vinden op het eremonument van Neuengamme.