Op 31 januari 1942 bezetten de Japanners Ambon in de Molukken. Op 8 maart 1942 capituleert het KNIL. In april worden delen van Nieuw Guinea bezet en pas op 30 juli 1942 worden de Kei en Tanimbar eilanden bezet door de Japanners.

In de tussenliggende maanden had Bisschop Aerts laten weten dat hij de missie niet wilde verlaten. Men had aangeboden om hun over te brengen naar Australië. Uit solidariteit sloten alle missionarissen zich bij hem aan. Te Langgur werden alle afdelingen van het missieterrein met uitzondering van het ziekenhuis onder bewaking gesteld en werden de missionarissen gedwongen zich te verzamelen bij de ingang van de kapel. Ook de zusters, met uitzondering van twee die zich hadden verscholen, waren daar aanwezig. De beschuldigingen die hen werden toegeschreeuwd kwamen neer op koloniale onderdrukking, mishandeling van mensen, opruiing tegen de Japanners, bezit van vuurwapens, contact met Australië, hulp aan militaire vluchtelingen en beambten etc. Na het onderzoek werden de zusters naar het klooster gebracht en later werden zij vervoerd naar Tual samen met pater Münster. Deze pater was Duits burger.

De bisschop en alle missionarissen werden naar het centrale huis gebracht. Na enige tijd kwamen ze naar buiten, maar ze waren toen al geblinddoekt met een witte doek, en toen werden ze opgebracht, geduwd en getrokken naar het strand, op het drooggevallen stuk ten westen van de pier, en op een rij gezet met het gezicht naar de kust. Toen werd uit de mond van pater Berns zijn geliefde uitroep gehoord: “Untuk Kristus Radja Kita”: “Voor Christus onze Koning”, waarop alle antwoorden: “Amen”. Die uitroep was de leus van de Pengawal Muda (Jonge Wacht) waarvan Berns de leider was. Toen klonken de schoten van de Japanse soldaten. Zij stortten alle ter aarde op het zeezand. De mensen die erbij stonden kregen van de commandant de opdracht de lijken zo maar in zee te werpen. Broeder van Schaik leefde nog en heeft nog iets gezegd. Daarna kwam het bevel:”Wie deze lijken wil begraven, is een misdadiger en zal worden doodgeschoten”.Wat nu precies de reden was dat ze werden doodgeschoten is nooit echt duidelijk geworden.

De lijken werden 2 dagen door het getij heen en weer gedreven door de zee-engte bij Langgur, waarna men met gevaar voor eigen leven, eerst de bisschop heeft begraven. De Protestantse radja van Taar vroeg toen verlof om de anderen te mogen begraven, dit werd gegeven.

Pater Bedaux en Pater de Grijs waren ontsnapt aan de moordpartij omdat ze elders waren. Pater de Grijs besloot zich bij de Japanners in Tual te melden. Hij werd opgesloten in de gevangenis en mishandeld en op 2 augustus samen met enkele Nederlandse soldaten neergeschoten.

De namen van de slachtoffers: Zij werden op 30 juli 1942 vermoord.

Bisschop Johannes Aerts 03-02-1880 Swolgen

p. Henricus Berns 11-01-1890 Wanroy

p. Gerardus Berns 29-09-1899 Arnhem

p. Jacobus Akkermans 01-11-1909 Oosterhout

p. Jacobus Ligtvoet 04-12-1914 Oosterhout

p. Joannes Joosten 15-04-1872 Deurne

br. Hadrianus Peeters 11-10-1879 Teteringen

br. Cornelis Beyer 11-12-1881 Nieuwer Amstel

br. Franciscus Raaymakers 17-08-1892 ’s Hertogenbosch

br. Gulielmus de Roy 29-11-1897 Haarlem

br. Gulielmus Houdijk 26-12-1893 Haastrecht

br. Joannes van Schaik 19-02-1906 ’s Hertogenbosch

br. Theodorus Fölker 01-03-1911 Angerlo

p. Franciscus de Grijs 04-03-1901 Amsterdam. (3 dagen later vermoord in Tual). De dorpen Tual en Langgur liggen op het eiland Kei Kecil (Zuid-Oost Molukken). Het verhaal staat in het boek van Pater Schreurs over Katholieke Missie in Maluku.