Op 6 juli 1944 werd Jan Smulders gearresteerd omdat hij weigerde inwoners van de gemeente Vessem (waarvan hij sinds 1942 waarnemend burgemeester was) aan te wijzen voor de 'Wehrmachtswerken' in Zeeland. Samen met zijn collega-burgemeesters, om dezelfde reden gearresteerd, werd hij overgebracht naar concentratiekamp Vught.

Zijn vrouw, Truus Smulders, bleef in Middelbeers achter met vier jonge kinderen. Jans jongere broer Antonius Josephus Maria (Sjef) Smulders werd aangesteld als waarnemend burgemeester van de Beerzen. Jan zelf kwam via Amersfoort, Sachsenhausen-Oranienburg, Buchenwald, Weimar en Tachau terecht in concentratiekamp Flossenbürg.

Op 20 april 1945 werd hij op transport gesteld naar Dachau en even buiten Flossenbürg geëxecuteerd nadat hij van uitputting was neergevallen. Het thuisfront leefde nog lange tijd in onzekerheid over zijn lot: pas in oktober 1945 kreeg Truus Smulders de officiële bevestiging van zijn dood.

Sluiten