In 1942 werd Brandsma gearresteerd door de Duitsers. Hij had zich onder meer in lezingen uitgesproken tegen rassenhaat en stelde in opdracht van Johannes de Jong, aartsbisschop van Utrecht, richtlijnen op die katholieke tijdschriften voorschreven geen advertenties van de Nationaal-Socialistische Beweging te plaatsen. Hij werd gevangengezet in Scheveningen en Kamp Amersfoort en ten slotte naar concentratiekamp Dachau gedeporteerd. Na zware mishandelingen werd hij daar vermoord.