Na de lagere school ging Jan op ongeveer 14-jarige leeftijd net als zijn vader bij de boer werken. Eerst in Roodeschool, later bij Onderdendam. Hij werd lid van de Roodeschoolster muziekvereniging David. Op 15 augustus 1933, een maand voor hij 18 werd, ging Jan bij het vrijwillige Landstormkorps, een soort reserve leger. Op zijn 20ste moest hij zijn militaire dienstplicht vervullen. Hij kwam bij het 12e Regiment Infanterie. Dit was het zogenaamde Groningse regiment.

Jan kreeg verkering met Sjoukelina (Lina) Brontsema uit Oudeschip. In het voorjaar van 1940 gingen Jan en Lina in ondertrouw, de trouwdatum werd vastgesteld op 4 juni 1940 en een woning werd al in gereedheid gebracht. Maar het liep anders. Want Nederland mobiliseerde en Jan moest naar de kazerne in Haarlem, verlof was schaars maar op zaterdag 4 mei was hij nog thuis in Roodeschool.

Vanuit Haarlem werd het 12e regiment ingezet bij de verdediging van de vliegvelden rond Rotterdam en Den Haag. Dit regiment vocht bij Delft en Overschie. Jan is op 14 mei in Overschie gesneuveld terwijl hij met zijn regiment oprukte vanuit Delft langs de rijksweg in Overschie in de richting van Rotterdam om het vliegveld Zestienhoven te verdedigen. Ze werden onder vuur genomen vanuit een koekjesfabriek bij de Schie, waarschijnlijk door leden van de N.S.B. Mogelijk vond dit plaats na het bombardement op Rotterdam in de namiddag van 14 mei. Na de capitulatie van Nederland op 15 mei zijn de gesneuvelden begraven in Delft. Op de begraafplaats Jaffa in Delft staat een monument ter gedachtenis aan de 67 daar in de omgeving gesneuvelden.

Door de familie werd besloten het stoffelijk overschot naar Roodeschool te laten komen. De (her)begrafenis had plaats te Oosteinde op 29 juni ’s avonds 19.00 uur. Gesproken werd er door burgemeester Brons en gereformeerd predikant ds. Schelhaas. In de raadsvergadering op 20 augustus is Jan samen met Barteld Kooi herdacht. Later in het jaar is door het hele dorp bijgedragen aan een grafmonument dat eind 1940 is geplaatst. Op de steen staat “Gevallen voor zijn Vaderland”. De naam Jan Buitenwerf is opgenomen op het monument dat in Uithuizermeeden eerst bij het gemeentehuis aan de Hoofdstraat stond en later is herplaatst aan de Lijnbaan/Vlasakker.

Op 2 oktober 2019 is bij zijn voormalig ouderlijk huis aan de Prinsenhof 14 te Roodeschool een Herdenkingssteen gelegd.