In 1939 werd de O16 verbonden aan de Nederlands-Indische vloot. Hij vertrok op 24 april uit Den Helder en kwam op 5 juni aan. Vaste havens waren Tandong Priok en Soerabaja. In september 1940 begeleidde de onderzeeër, in een klein konvooi, de tanker Olivia naar Lourenço Marques (Mozambique) omdat er berichten waren over een Duitse jager in dat gebied. Eind 1941 werd de O16 samen met de K XVII en XVIII – de K stond voor Koloniën - ingedeeld bij de eerste divisie van het onderzeeboot flottieltje, dat in totaal uit 15 werkzame schepen bestond. Het flottielje zou ondanks veel verliezen succesvol zijn (zie ook www.dutchsubmarines.com) Commandant van de eenheid en van de eerste divisie werd Luitenant ter zee 1e klasse Antonie Jacobus Bussemaker. De O16 was zijn vlaggeschip. Thuishaven van de O16 zou Sambas op Borneo zijn, bij de grens met het Britse deel en tegenover Singapore. Op 1 december 1941 werden de eerste en tweede divisie van het flottielje onder Brits commando gesteld. De Japanse dreiging in de richting van de Nederlands-Indische oliebronnen (zie Van den Belt* op Tarakan) zou met Brits(-Indische) en Australische hulp worden afgeweerd. Singapore werd de thuisbasis. De O16 en de K XVII moesten patrouilles uitvoeren langs de oostkust van Malakka (momenteel Maleisië) in de Zuid-Chinese Zee. De eerste patrouille was op 6 december. Een dag later startte Japan de verrassingsaanval op Thailand, Malakka, Sjanghai, Hongkong en Singapore en vernietigde het tegelijkertijd de Amerikaanse vloot in Pearl Harbour. De Nederlandse regering in ballingschap volgde de USA en verklaarde de oorlog aan Japan. Er was nu sprake van een directe oorlogspatrouille. De O16 en de andere Nederlandse onderzeeërs in Singapore kregen de opdracht de verwachte Japanse invasie in Malakka en Thailand te verstoren. Die was feitelijk op 8 december begonnen met bombardementen en troepenlandingen bij de Maleisische kuststad Khota Baru en de nabijgelegen Thaise havens Pattani en Songkla. De Britse kruisers Prince of Wales en Repulse werden op 10 december door Japanse bommenwerpers vernietigd. Ondanks het overweldigende succes van de Japanse Blitzkrieg wist de O16 op 10 december het troepentransportschip Ayatosan Maru (9788 ton) en/of de Sakura Maru (7170 ton) te beschadigen. De soldaten waren al op 8 december in Khota Baru geland. Twee dagen later viel de O16 een aantal Japanse schepen aan in de ondiepe baai van Pattani aan de oostkust van Thailand; ook zij waren al klaar met de troepenlanding. De Tosan Maru (8666 ton), Asosan Maru (8812 ton) en Kinka Maru (9306 ton) zonken gedeeltelijk. Ze zouden later worden gerepareerd. Cornelis de Wolf,de enige overlevende en één van de opvarende vertelde later: ‘Op 10 december namen we een Japans koopvaardijschip waar dat licht voerde op de achtersteven. Die stommiteit maakte het ons eenvoudig het schip naar de baai van Patani te volgen. Commandant Bussemaker besloot de baai in te gaan. Daar lagen vier Japanse schepen, in een halve kring. We schoten eerst op de boeg daarna op de achtersteven. We gebruikten zes torpedo’s die alle doel raakten. In de roos! De schepen zonken echter maar gedeeltelijk omdat de baai niet diep genoeg was, 8-10 meter. We wisten ongezien de baai te verlaten en zetten koers naar Singapore.’ (lees ook dutchsubmarines.com) Op 13 december keerde de O16 met nog één torpedo over terug. Twee dagen later liep de onderzeeër rond 2.30 uur bij het eiland Tioman op een Japanse mijn. De Japanners hadden op 7 december bij de ingang van de golf van Siam (nu Golf van Thailand) een linie aan zeemijnen uitgezet. Rond 21 december zou ook de K XVIII er met fatale gevolgen op lopen. De O16 viel bijna in twee stukken uiteen en zonk. 41 van de 42 opvarenden kwamen om. De meesten overleden of verdronken onmiddellijk. Van vijf manschappen is iets meer bekend. Bootsknecht Cor de Wolf vertelt: ‘Op zondag 14 december rond middernacht nam ik als roerganger de wacht op de brug over. We waren met z’n zessen. Allemaal hadden we onze ogen gericht op lichtstralen en flitsen verder weg. Daar vond blijkbaar een vuurgevecht plaats. Om 2 uur ’s morgens was net boven de horizon een zoeklicht te zien. De commandant veranderde van koers en ging recht op het licht af, ergens bij de eilanden aan de kust van Malaya. Het gebeurde rond 2.30 uur. Een donderslag slingerde me tegen de wand. Binnen een minuut verdween onze trouwe O16 onder de golven. Ik zag de commandant Bussemaker en een hoofdofficier proberen om het luik van de geschutkoepel dicht te krijgen, terwijl ik zelf wanhopig mijn best deed mijn jas los te trekken uit de rommel van de mijn waarin hij vast zat. De jas scheurde en ik kwam in het water terecht, alleen.’ Cor vindt vier nog levende maten met wie hij in de richting van het eiland Tioman zwemt: Luitenant ter zee 2e klasse Christiaan Antoon Jeekel, machinist korporaal Bos en de matrozen Van Tol en Kruijdenhof. De één na de ander moet het opgeven en verdrinkt, tenslotte na 18 uur ook machinist korporaal Bos. Bootsknecht Cor de Wolf houdt vol en belandt na nog eens 20 uur zwemmen op een onbewoond eiland voor de kust. Een jongen met een bootje die toevallig langskomt redt hem. De dorpelingen helpen hem verder. Een aantal gaan met hem samen op de vlucht voor de Japanners en na een lange tocht door de jungle worden ze gevonden door een Australische verkenner, die Cor de Wolf naar Singapore brengt. De Japanse aanval dendert voort en Singapore valt op 15 februari 1942. Het onderzeeboot flottielje blijft vanuit Java en later Australië actief. Sluiten