Tijdens het uitbreken van de Tweede Wereldoorlog was de Jan van Amstel gestationeerd in Nederlands-Indië en verbonden aan de 2de divisie mijnenvegers in Soerabaja.Na de Japanse inval was de bedoeling dat de Jan van Amstel en zusterschepen in veiligheid zouden worden gebracht door uit te wijken naar een andere haven.In de avond van 6 maart 1942 verliet de Jan van Amstel onder commando van luitenant ter zee II de Greeuw samen met het zusterschip de Eland Dubois de haven van Soerabaja om de oversteek naar Australië te wagen. De Jan van Amstel en de Eland Dubois waren niet gecamoufleerd. Op 7 maart 1942 gingen de schepen voor anker bij het eiland Gili Radja om de voorraad aan te vullen. Daar werden de schepen gespot door een Japans verkenningsvliegtuig. De Commandanten van beide schepen besloten de Eland Dubois te vernietigen, omdat een van de ketels niet functioneerde en omdat door desertie in Soerabaja er onvoldoende manschappen waren om beide schepen te bemannen.Nadat de Eland Dubois was vernietigd vervolgde de Jan van Amstel de overtocht naar Australië. In de avond van 8 maart 1942 werd het schip gespot door een Japanse torpedobootjager die het vuur opende en de Jan van Amstel tot zinken bracht. Door deze aanval kwamen 23 manschappen om het leven. Een deel van de overlevenden dobberde 43 uur rond voordat ze gered werden door een andere Japanse torpedobootjager en naar Makassar werden gebracht. Een ander deel van de overlevenden spoelde enkele dagen later aan op Bali en werden daar gevangengenomen. Sluiten