Op 20 juli 1940 werd de CPN door de Duitsers verboden. Tientallen leden van de CPN in Tilburg, waaronder Joannes de Lepper, besloten het illegale blaadje 'Vrede en Vrijheid' uit te geven. De Duitse inval in de Sovjet Unie op 22 juni 1941 leidde tot een jacht op communisten in Nederland en dan met name op de verspreiders en afnemers van de illegale communistische bladen. Joannes de Lepper werd in de nacht van 25 juni 1941 thuis aan het Rozenplein 20 door de Grüne Polizei van zijn bed gelicht.

Voor verhoor werd hij overgebracht naar het Huis van Bewaring in 's-Hertogenbosch. Vervolgens kwam hij in kamp Schoorl en daarna in kamp Amersfoort terecht. Vanuit Amersfoort is hij in december 1941 doorgestuurd naar het concentratiekamp Neuengamme bij Hamburg. Vanuit Neuengamme is hij daarna overgebracht naar het concentratiekamp Dachau, waar hij op 2 augustus 1942 is overleden. Zijn lichaam is in Dachau gecremeerd en de asresten zijn verstrooid.