In augustus 1942 voer als hij kapitein van de Zuiderkerk in een konvooi van 28 schepen op de Atlantische Oceaan, op weg naar Engeland. Vier Britse oorlogsschepen voeren mee als bescherming tegen onderzeeërs, maar bij de Azoren werd het konvooi toch aangevallen. De Zuiderkerk kreeg op 28 augustus een torpedo in het voorruim en maakte water. Het lukte niet voldoende water weg te pompen en 's avonds om half elf gaf De Boer het commando het schip te verlaten. Hij had op dit soort noodsituaties geoefend met zijn bemanning, daarom konden in een ordelijke actie alle opvarenden in veiligheid worden gebracht op een escorteschip. Nagenoeg de hele bemanning van de Zuiderkerk werd met z'n kapitein overgeplaatst op de even grote vrachtvaarder ss Serooskerk.

Met dit schip vertrok kapitein de Boer op 26 november 1942 uit Loch Ewe (Schotland) naar Durban. Aanvankelijk voer de Serooskerk in konvooi, maar op 5 december kreeg een aantal schepen, waaronder de Serooskerk, bevel om het konvooi te verlaten en op eigen gelegenheid verder te varen. Waarom dat bevel gegeven is, valt niet meer te achterhalen, want van de Serooskerk zelf is daarna niets meer vernomen.

Deze keer had kapitein Doekele de Boer geen enkele kans. Het schip ging ten onder met de complete bemanning: 15 Nederlanders en 69 Brits-Indiërs.